Si bien es cierto que la independencia panameña de España fue un movimiento ajeno a la revolución bolivariana, la unión voluntaria del istmo a la Gran Colombia, en busca de un mejor futuro bajo el liderazgo de Simón Bolívar, fue una decisión tomada por los istmeños en 1821, la cual estuvo marcada por las situaciones adversas vividas en las diferentes repúblicas colombianas como guerras civiles, enfrentamientos políticos y una mala situación económica.

 

Luego de 17 intentos de separación y 4 separaciones declaradas con un posterior reintegro a Colombia, el fracaso de la construcción del canal por parte de los franceses, la Guerra de los Mil Días trasladada a territorio panameño, el fusilamiento del caudillo liberal Victoriano Lorenzo, el rechazo del senado colombiano al tratado Herrán-Hay para la construcción del canal interoceánico por parte de los Estados Unidos sirven de detonante para un nuevo movimiento separatista liderado por José Agustín Arango, Manuel Amador Guerrero, Carlos Constantino Arosemena, General Nicanor A. De Obarrio, Ricardo Arias, Federico Boyd, Tomás Arias y Manuel Espinosa Batista.

 

Según algunos historiadores,  el político istmeño José Agustín Arango conspiró en secreto con inversionistas de Wall Street la preparación del movimiento separatista y conformó una junta revolucionaria clandestina destinada a separar el istmo de la soberanía colombiana, y así poder negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal interoceánico por Panamá, ya que los Estados Unidos exploraba la posibilidad de la construcción de la vía entre Nicaragua y Costa Rica. Por su parte, Manuel Amador Guerrero viajó en secreto a los Estados Unidos en busca de apoyo para el plan. Asimismo, el movimiento obtuvo en Panamá el respaldo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas, acordándose la puesta en marcha del plan separatista para un día no definido del mes de noviembre de 1903.

 

Los insistentes rumores sobre un movimiento en Panamá, hicieron que Colombia movilizara al Batallón Tiradores desde Barranquilla, con instrucciones para reemplazar al Gobernador José Domingo de Obaldía y al General Esteban Huertas, quienes ya no gozaban de confianza por parte del gobierno de Bogotá.

 

La mañana del 3 de noviembre de 1903, desembarca en Colón el Batallón Tiradores, al mando de los generales Juan B. Tovar y Ramón G. Amaya. El contingente armado debió ser transportado hacia la ciudad de Panamá, pero fueron comunicados de contratiempos, por parte de las autoridades del ferrocarril de Panamá, quienes actuaron en complicidad con el movimiento separatista. Sin embargo los generales y altos oficiales accedieron a transportarse a la ciudad de Panamá sin sus tropas.

 

Una vez llegados a ciudad de Panamá, Tovar, Amaya y sus oficiales fueron arrestados por órdenes del general Esteban Huertas, quien comandaba el Batallón Colombia, de cuya jefatura pretendían reemplazar.

 

La decisión del general Huertas de apoyar el movimiento separatista y arrestar a los generales colombianos dependió del apoyo que le brinda el general Domingo Díaz quien junto al pueblo del arrabal de Santa Ana tomaron las armas, formando un ejército de más de mil panameños listos a defender la separación. La flota naval anclada en la bahía de Panamá se rindió sin oponer resistencia.

 

En Colón quedó la tropa del Batallón Tiradores bajo el mando del coronel Eliseo Torres, quienes fueron sometidos por las fuerzas separatistas y obligados a zarpar del istmo rumbo a Colombia.

 

La ciudad de Panamá se encontraba conmocionada y en los barrios se escuchaban los gritos de celebración y festejo de la naciente República de Panamá. La tarde del 3 de noviembre de 1903 el Consejo Municipal de la ciudad de Panamá, presidido por Demetrio H. Brid se reunió bajo la voluntad del pueblo de ser libre y de establecer un gobierno propio, independiente, y soberano, sin la subordinación de Colombia, bajo el nombre de República de Panamá, decisión que halló inmediatamente respaldo en el resto del país. Ante el surgimiento de un gobierno de facto, Demetrio H. Brid se convirtió entonces en el primer presidente de facto de la República de Panamá.

 

El Consejo Municipal de Panamá, por intermedio de su Presidente, establece el 4 de noviembre una Junta Provisional de Gobierno conformada por José Agustín Arango, quien la preside, Federico Boyd y Tomás Arias, la cual ejerció funciones hasta febrero de 1904 cuando la Convención Nacional Constituyente designa a Manuel Amador Guerrero como primer Presidente Constitucional de la República de Panamá.

 

Hubo varios intentos por parte del gobierno colombiano para revertir la separación del istmo, desde reuniones de alto nivel entre representantes de Bogotá y Panamá, ofrecimientos políticos como la aprobación del tratado del canal que había sido rechazado y el traslado de la capital de Colombia a Panamá, así como un fracasado intento de invasión militar a través de las selvas del Darién y hasta la invocación del tratado Mallarino-Bidlack que exigía a los Estados Unidos someter militarmente al pueblo panameño a fin de restablecer una soberanía colombiana sobre el istmo. Sin embargo la decisión para los panameños ya estaba tomada y la República de Panamá fue rápidamente reconocida por las naciones latinoamericanas, los Estados Unidos y las potencias europeas.