Una vez declarada la Separación de Panamá de Colombia, el nuevo gobierno por medio de su embajador plenipotenciario Philippe-Jean Bunau-Varilla, logra la firma de un tratado para la construcción de un canal interoceánico por el istmo con el gobierno de los Estados Unidos de América. El Tratado Hay-Bunau Varilla permitió la construcción de la vía que había quedado inconclusa por el grupo francés de Ferdinand de Lesseps y el gobierno de Colombia. La sorprendente obra de ingeniería fue terminada en 1914 utilizando tecnología avanzada para la época como motores eléctricos con sistemas de reducción para mover las compuertas de las esclusas, sistemas de vías de ferrocarril para movilizar las toneladas de material excavado y la construcción del lago Gatún, el lago artificial más grande del mundo hasta esa época. Algunos aspectos en salud pública resultaron de relevancia ya que se consideraron como uno de los obstáculos que motivaron el fracaso de la empresa francesa. El saneamiento y fumigación de las áreas, así como la reconstrucción de los acueductos y alcantarillados de las ciudades de Panamá y Colón fueron decisivos.

 

Los tratados del canal concedían la administración de una franja de terreno de 10 millas de ancho a lo largo de la vía interoceánica al gobierno de los Estados Unidos, que aún cuando se reconocía la soberanía de Panamá generó situaciones de conflicto entre ambas naciones en décadas siguientes.

 

Las controversias políticas surgidas por la interpretación de los tratados, eran consideradas como una amenaza a la soberanía panameña y acentuaban las diferencias entre las autoridades del Istmo y las de la Zona del Canal. En 1914, el presidente Belisario Porras plantea por primera vez la necesidad de un nuevo tratado sobre el Canal de Panamá.

 

El Tratado Arias-Roosevelt de 1936, firmado por los presidentes Harmodio Arias Madrid de Panamá y Franklin Delano Roosevelt de Estados Unidos, anula el principio de la intervención militar estadounidense en los asuntos internos del estado panameño, cambiando el concepto jurídico de país protegido por Estados Unidos para garantizar su independencia.

 

En 1948 se crea la Zona Libre de Colón como una institución autónoma del estado panameño, por el Presidente Enrique A. Jiménez, a través de una zona franca que aprovecha la posición geográfica, los recursos portuarios y el canal como paso de rutas navieras mundiales. La firma del Tratado Remón-Eisenhower de 1955, entre los presidentes José Antonio Remón Cantera de Panamá y Dwight David Eisenhower de Estados Unidos, le otorga nuevas ventajas económicas y el pago de arriendos a Panamá por el canal.

 

El Puente de las Américas, la estructura sobre el Canal de Panamá que une por vía terrestre el istmo, es inaugurado el 12 de octubre de 1962.

 

El 9 de enero de 1964, estudiantes del Instituto Nacional lideran un movimiento que reclama la izada de la bandera panameña junto a la estadounidense en la zona del canal, según los acuerdos Chiari-Kennedy de 1962, terminando en disturbios estudiantiles y enfrentamientos con la población civil. Como medida para controlar la situación, el gobernador de la Zona del Canal autoriza al ejército estadounidense quien abre fuego contra civiles panameños dejando un saldo de 21 muertos y más de 300 heridos. El Presidente de Panamá Roberto F. Chiari, en una situación sin precedentes en el continente americano, rompe relaciones diplomáticas con los Estados Unidos de América y declara el no reinicio de las mismas hasta que se acordara abrir negociaciones para un nuevo tratado. En abril de ese año, ambas naciones reasumen relaciones diplomáticas y el presidente estadounidense Lyndon Johnson accede a iniciar conversaciones con el propósito de eliminar las causas de conflicto entre ambas naciones.

 

En 1965, Panamá y Estados Unidos firmaron la Declaración Robles-Johnson, entre los presidentes Marco Aurelio Robles de Panamá y Lyndon Johnson de Estados Unidos, en los cuales se tocaron temas como la administración del canal, la exploración para un canal a nivel por una nueva ruta, y la defensa de la vía acuática.

 

El 11 de octubre de 1968, a solo unos días de haber asumido la presidencia Arnulfo Arias Madrid, los mandos medios de la Guardia Nacional, liderados por Boris Martínez dan un golpe de estado, en el comunicado oficial los golpistas señalaron que: el intento por violar la voluntad popular en las elecciones legislativas, así como la integración ilegal del Tribunal Electoral, los había llevado a adoptar la decisión de asumir el poder por medio de un gobierno provisional que preparara el retorno al orden democrático. estableciendo el inicio de una dictadura militar que trajo consigo exilios, asesinatos, desapariciones y corrupción al país por 21 años. Un año después asume el mando de la Guardia Nacional el General de Brigada Omar Torrijos. En 1972 el gobierno militar del General Torrijos emite una nueva constitución política en la cual se le reconoce como líder del proceso revolucionario del 11 de octubre y jefe del estado panameño. En 1977 el general Torrijos en calidad de jefe de estado de Panamá y el presidente de EE. UU., Jimmy Carter, firman los Tratados Torrijos-Carter que establecen la entrega de la administración del Canal de Panamá y el cierre de todas las bases militares estadounidenses en el territorio de Panamá. En 1981 muere el General Torrijos en un accidente aéreo.

 

En agosto de 1983 asciende a comandante en jefe de la Guardia Nacional el General de Cuatro Estrellas, Manuel Antonio Noriega, que transforma la institución armada en las Fuerzas de Defensa de Panamá. El General Noriega fue acusado de narcotraficante por los Estados Unidos, y de corrupción y fraude electoral de 1984 por su segundo al mando Coronel Roberto Díaz Herrera, provocando protestas y manifestaciones por parte de la población panameña, que fueron reprimidas brutalmente por las Fuerzas de Defensa. Durante los siguientes años, el país es bloqueado económicamente por los EE.UU. y cae en una recesión económica y social, cuando se sufre una contracción del PIB por dos años seguidos (1987: -1.8), (1988: -13.3). Más tarde en mayo de 1989, por instrucciones del General Noriega son anulados los resultados electorales para elecciones presidenciales, suspendiendo en septiembre la constitución y asumiendo el control de la nación panameña en calidad de jefe del gabinete de guerra, declarando a Panamá en estado de guerra con EE. UU.

 

El 20 de diciembre de 1989 el ejército de EE. UU. invadió Panamá, capturando al general Noriega quien fue llevado ante los tribunales estadounidenses acusado de narcotráfico, y marcando el fin de la dictadura militar en Panamá.

 

Guillermo Endara Galimany, ganador de las elecciones de 1989 que fueron anuladas por el General Noriega, asume el cargo de presidente y restablece el orden constitucional. El 10 de febrero de 1990, el gobierno del presidente Endara emitió un decreto ejecutivo en el que reorganizaba la fuerza policial. De acuerdo con el decreto ejecutivo, las Fuerzas de Defensa de Panamá quedaban abolidas con efecto retroactivo al 22 de diciembre de 1989 y en su lugar se creaban una Policía Nacional (PN), un Servicio Marítimo Nacional (SMN), un Servicio Aéreo Nacional (SAN) y un Servicio de Protección Institucional (SPI), más tarde el 15 de noviembre de 1992 se celebra en referendum de reformas constitucionales entre las que figuraba la abolición del Ejército, el cual fue rechazado por casi el 60% de los votos, tiempo después la antigua Asamblea Legislativa aprueba la abolición del ejército, que lleva a la nación por primera vez desde 1968 a un proceso electoral transparente en 1994, donde gana el candidato de oposición Ernesto Pérez Balladares.

 

Mireya Moscoso, viuda del expresidente Arnulfo Arias, gana las elecciones en 1999, convirtiéndose en la primera mujer que preside el gobierno panameño. El 31 de diciembre de 1999, en fiel cumplimiento de los tratados Torrijos-Carter, la República de Panamá asume el control total del Canal de Panamá.

 

En mayo del 2004 gana las elecciones Martín Torrijos Espino, hijo del general Omar Torrijos. Ocupó el cargo desde septiembre del mismo año, hasta el 30 de junio de 2009.